Considerada como la ciudad más antigua de Texas, Nacogdoches fue fundada en 1779 por Don Antonio Gil Y’Barbo. Esta pequeña y pintoresca ciudad está en auge con historia e historias de años pasados comenzando con los indios Caddo, que vivieron en la zona antes de los españoles, hasta nuestros días. Sobre A lo largo de su historia, Nacogdoches tuvo nueve banderas diferentes en lugar de los seis para el resto de Texas. Las banderas incluían la española, la francesa, la de la rebelión Gutiérrez-Magee, la de la expedición del Dr. James Long, la mejicana, la de la rebelión de Fredonia, la del Lone Star, la de barra y estrellas confederada y por supuesto, los Estados Unidos de América.
Los primeros pobladores de Nacogdoches fueron una tribu local Caddo llamada Nacogdoche que llegó al este de Texas alrededor del año 800 d.C. Los caddos son considerados viajeros y comerciantes, y construyeron cabañas de madera y túmulos funerarios entre los arroyos Banita y Lanana. Hasta 1716, Nacogdoches siguió siendo un asentamiento indio caddo; sin embargo, los españoles comenzaron a construir misiones en el área para mantener su propiedad del este de Texas. Alrededor de esa misma época, los franceses comenzaron a explorar el este de Texas desde Luisiana para establecer el comercio con los nativos americanos.
Los españoles perdieron la propiedad de Texas y México en 1821 después de la Revolución Mexicana. Con el fin de evitar que los anglos de los Estados Unidos inundaran Texas, el gobierno mexicano aprobó leyes de colonización y otorgó subvenciones a empresarios a individuos para asentar familias en Texas. Los desacuerdos sobre los títulos de propiedad de la tierra condujeron a la Rebelión de Fredonia. A principios de la década de 1830, las relaciones entre México y Texas comenzaron a salirse de control. El primer enfrentamiento entre mexicanos y texanos ocurrió el 2 de agosto de 1832 con la Batalla de Nacogdoches. Con la ayuda del residente local Adolphus Sterne, un grupo de revolucionarios de Texas obligó a la guarnición mexicana a salir de Nacogdoches y liberó al este de Texas del gobierno militar. La primera batalla de la Revolución de Texas se libró en Gonzales en octubre de 1835. La Revolución de Texas duraría hasta la Batalla de San Jacinto el 21 de abril de 1836. Texas se convirtió por primera vez en una república en 1836, y luego en 1845 se unió con éxito a los Estados Unidos de América como el estado número 28 de la Unión.
Al igual que el resto del sur, Texas y Nacogdoches sufrieron durante la Guerra Civil y los años de la Reconstrucción, pero en la década de 1880 la ciudad estaba en auge. En 1882, el Ferrocarril del Este y Oeste de Houston llegó a Nacogdoches y cambió drásticamente la economía de la agricultura al comercio.
Después del cambio de siglo, los ciudadanos locales comenzaron a presionar al estado para que se construyera una escuela de maestros en Nacogdoches. En 1923 se inauguró el Stephen F. Austin Teachers College con una matrícula de 158 estudiantes. Durante las siguientes décadas, la universidad comenzó a expandirse para dar cabida a un gran cuerpo estudiantil. Bajo el liderazgo del presidente Ralph Steen, el colegio alcanzó el estatus de universidad en 1969 y una población estudiantil de casi 11,000.
Nacogdoches es considerada una de las ciudades más históricas de Texas y ofrece una amplia variedad de atracciones para los visitantes. Está ubicado justo en la intersección del histórico El Camión Real de los Tejas y La Calle del Norte y todavía atrae a personas de todo el mundo, al igual que lo hizo en la década de 1800 cuando Nacogdoches se consideraba la puerta de entrada a Texas.